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ICAnalytics plateforme de lipidomique

 

Responsable opérationnel: Dr Marie Lhomme (IR, ICAN)

Directeur scientifique: Dr Anatol Kontush (DR, UMR ICAN 1166)

Data Scientist: Dr Maharajah Ponnaiah (IR, ICAN)

Technicien: Sora Lecocq (Tech, ICAN)

Comité de pilotage: Pr. F.Mochel (ICM), Dr F.Lamari (APHP), Dr GI Boneca (Pasteur), Dr F.Fenaille (CEA)

Objectifs

En lien étroit avec les chercheurs et cliniciens de la communauté ICAN, la plateforme de lipidomique , créée en 2010, est tout particulièrement attachée à identifier de nouveaux biomarqueurs dans le domaine du cardiométabolisme et de la nutrition dans le but d’améliorer la prévention et affiner la stratification des patients pour un traitement plus personnalisé.

Des technologies de pointe telles que la spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse ou liquide nous permettent de garantir des analyses quantitatives et ultra-sensibles sur des centaines d’espèces lipidiques dans diverses matrices biologiques.

 

Équipements sur la plateforme

  • GC-MS : Trace 1310/ISQ LT (ThermoFisherScientific)
  • LC-MS/MS: HPLC (Prominence Shimadzu)/ Qtrap 4000 (AB Sciex)

 

Méthodes de routine

1. Profilage complexe par LC-ESI-MS/MS

  • 238 glycerophospholipides: PC, LPC, PE, LPE, PE plasmalogen, PI, PG, LPG, BMP, PS, PA
  • 70 sphingolipides: Sphingomyelin (SM), ceramides, dihydroceramide (DHC)
  • 135 lipides neutres : TAG, DAG, MAG, CE, cholesterol

2. Approche ciblées en vue d’études de voix métaboliques précises (LC-MS/MS et GC-EI/CI-MS)

  • Métabolites issus du microbiote: sterols (coprostanol, epicoprostanol, ethylcoprostanol), short chain fatty acids (SCFA)
  • Acides gras libres (FFA) (27 lipides): 15:0, 16:0, 16:1, 17:0, 18:0, 18:1, 18:2, 18:3 (w3 et w6), 20:0, 20:1, 20:2, 20:3 (w3 et w6), 20:4, 20:5, 22:0, 22:1, 22:4, 22:6, 23:0, 24:0, 24:1
  • Voie de synthèse du cholesterol: squalene, lanosterol, desmosterol, lathosterol, cholesterol
  • Marqueurs d’absorption intestinale: phytosterols (campesterol, β-sitosterol, stigmasterol), cholestanol

Matrices: Biofluides (plasma, serum), tissus (foie, tissu adipeux, cerveau, cœur, muscle, intestin..), autres (exosomes, cellules, bactéries, mitochondries…)

 

Développements en cours

  • Sphingosine-1-Phosphate
  • Oxystérols

 

Rayonnement d’interaction de la plateforme lipidomics :

  • Education: plateforme référence du parcours OMICS du master STA2E de Université Paris Est Créteil
  • Réseaux locaux: UMS RésOmique SU
  • Réseaux nationaux: MetaboHub, RFMF, Lipidomystes, Consortium Microbiote INSERM
  • Réseaux internationaux: ELM, MPF, metabomeeting, european regional metabolomics networks

 

Publications majeures

 

Conditions d’accès

Localisation

47-48 bd de l’hôpital 75013 Paris ICAN – bât E3M – 6ème étage