partager sur facebook

ICANalytics lipidomique

 

Objectifs

En lien étroit avec les chercheurs et cliniciens de la communauté ICAN, la plateforme, créée en 2010, est tout particulièrement attachée à identifier de nouveaux biomarqueurs dans le domaine du cardiométabolisme et de la nutrition dans le but d’améliorer la prévention et affiner la stratification des patients pour un traitement plus personnalisé.

Des technologies de pointe telles que la spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse ou liquide nous permettent de garantir des analyses quantitatives et ultra-sensibles sur des centaines d’espèces lipidiques dans diverses matrices biologiques.

 

Equipements sur la plateforme

  • GC/MS : ISQ LT (Thermo Fisher Scientific)
  • LC/MS/MS: HPLC Prominence (Shimadzu) / QTrap 4000 (AB Sciex)
    • Identification et quantification de nouveaux biomarqeurs
    • Instruments très sensibles, rapides et spécifiques (HPLC ou GC + fragmentation en mode MRM (MS/MS) ou en source (EI/MS))

 

Méthodes de routine

Classe de lipides Sous-classes de lipides Matrices analysées Technique
Phospholipides PC, LPC, PE, LPE, PE plasmalogen, PI, PG, PS, PA (182 espèces) Biofluides : Plasma, serum
Tissus : foie, tissu adipeux, cerveau
Autres : cellules, bactéries
HPLC/ESI-MS/MS
Sphingolipides Sphingomyelin, ceramide, dihydroceramide (55 espèces)
Lipides neutres Triglycerides, esters de cholesterol (80 espèces)
Acides gras libres et totaux 15:0, 16:0, 16:1, 17:0, 18:0, 18:1, 18:2, 18:3 (w3 et w6), 20:0, 20:1, 20:2, 20:3 (w3 et w6), 20:4, 20:5, 22:0, 22:1, 22:4, 22:6, 23:0, 24:0, 24:1 Biofluides : Plasma, serum
Tissus : foie, tissu adipeux, cerveau
Fast GC/CI-MS
Stérols Activité microbiote : coprostanol, épicoprostanol…
Phytosterols : campéstérol, β-sitostérol, stigmastérol
Intermédiaires de synthèse : squalène, lanostérol, desmostérol, lathostérol, cholestérol
Autres : cholestanol, devenir stérols par dosage de stérol marqués au deutérium
Biofluides : Plasma, serum
Tissu : foie, tissu adipeux, cerveau, muscle, intestin
Autres : cellules, bactéries, feces
GC/EI-MS

 

 

Développements en cours

  • Monoacylglycerides (MAG), Diacyglycerides (DAG)
  • Short chain fatty acids
  • Sphingosine-1-Phosphate, ceramide-phosphate
  • Oxystérols

 

Interactions de la plateforme lipidomics

  • Laboratoires de recherche : 7 chercheurs ICAN, 5 équipes françaises, 9 équipes internationales
  • Education : plateforme référence du parcours OMICS du master STA2E de Université Paris Est Créteil
  • Réseaux nationaux : Consortium microbiote INSERM, MetaboHub, Lipidomystes, UMS 29 omic UPMC

 

Publications majeures

  • Kayser BD et al., Serum lipidomics reveals early differential effects of gastric bypass compared to banding on phospholipids and sphingolipids independent of differences in weight loss, International Journal of Obesity, 2017 PMID: 28280270
  • Anjani K et al., Circulating phospholipid profiling identifies portal contribution to NASH signature in obesity, J Hepatol., 2014 PMID: 25450212
  • Camont L et al., Small, Dense High-Density Lipoprotein-3 Particles Are Enriched in Negatively Charged Phospholipids: Relevance to Cellular Cholesterol Efflux, Antioxidative, Antithrombotic, Anti-Inflammatory, and Antiapoptotic Functionalities, Arteriscler Throm. Vasc. Biol., 2013 PMID: 24092747

 

Conditions d’accès
  • Projet soumis au comité de pilotage via un formulaire d’accès
  • Après validation, devis établi et projet initié

 

Localisation et Contacts

47-48 bd de l’hôpital 75013 Paris ICAN – bât E3M – 6ème étage

Responsable opérationnel : Marie LHOMME, PhD
Directeur scientifique : Anatol KONTUSH, PhD
Technicien : En cours de recrutement
Comité consultatif : Prof. Edward DENNIS (UCSD/LipidMaps, San Diego, USA), Prof. Peter MEIKLE (Baker IDI, Australia)