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ICANalytics métabolomique

 

En route pour la médecine personnalisée

 

La plateforme de métabolomique a pour but de développer et fournir des outils permettant de profiler et/ou quantifier en haut-débit l’ensemble des molécules appartenant au métabolome.

 

La stratégie développée au sein de notre plateforme se base sur le profilage d’un large nombre de métabolites en utilisant des compétences multidisciplinaires combinant des outils bioinformatiques, statistiques et des bases de données biochimiques pour l’interprétation des résultats à un spectromètre de masse à haute résolution couplé à des systèmes chromatographiques.

Services et Équipements

  • Étude du métabolome
  • Prestations: acquisition et interprétation de profils métabolomiques
  • Identification et analyse de métabolites (HRMS, MS/MS)
  • Analyse et quantification de plusieurs familles de métabolites
  • Conseil et mise en place des dosages métabolomiques
  • Développement et réalisation de méthodes pour la métabolomique (‘Custom method’)
  • Annotation et identification des métabolites

Méthodes disponibles

Approche ciblée:

Quantification absolu des acides aminés, voie du tryptophane, voie du métabolisme de la choline (TMAO, Choline…), acide gras à courte chaine (SCFAs), acides biliaires (en dvlpt)

thode de profilage:

Détection et quantification relative de composés en lien avec le microbiote et appartenant à la famille :

  • Méthode 1: acides aminés, composés organiques, phénols, méthylamines et quelques indoles
  • Méthode 2: Acylcarnitines, acides gras libres et acide biliaires
Approche non ciblée:

Etude du métabolome globale par l’intermédiaire de plusieurs méthodes chromatographiques. Détection de plus de 200 métabolites dans les biofluides (plasma-sérum)

Matrices biologiques d’études.

Sérum-Plasma, LCR, urines, fèces, Caecum, PBMC et cellules gliales. Autres matrices sous conditions d’études pilotes (Contacter le responsable opérationnel pour plus d’informations)

Réseaux et Collaborations

Soumission des projets

Accès à notre plateforme se fait par l’intermédiaire d’une demande analytique (https://app.novabricks.com/ican/ican/)

La démarche après réception du « request form » est la suivante :

  1. Soumission de la request form à la plate-forme via “demande Analytique”
  2. Évaluation du projet et établissement d’une proposition tarifaire
  3. Validation du cahier des charges et signature d’un devis/convention
  4. Réception des échantillons
  5. Réalisation des travaux selon le cahier des charges (ou le devis)
  6. Présentation du rapport final d’étude

Publications majeures

  • Le Roy T, Lécuyer E, Chassaing B, Rhimi M, Lhomme M, Boudebbouze S, Ichou F, Haro Barceló J, Huby T, Guerin M, Giral P, Maguin E, Kapel N, Gérard P, Clément K, Lesnik P. The intestinal microbiota regulates host cholesterol homeostasis, BMC Biol., 2019. PMID 31775890
  • Aron-Wisnewsky J, Prifti E, Belda E, Ichou F, Kayser BD, Dao MC, Verger EO, Hedjazi L, Bouillot JL, Chevallier JM, Pons N, Le Chatelier E, Levenez F, Ehrlich SD, Dore J, Zucker JD, Clément K. Major microbiota dysbiosis in severe obesity: fate after bariatric surgery. Gut. 2019. PMID: 29899081
  • Del Mar Amador M, Colsch B, Lamari F, Jardel C, Ichou F, Rastetter A, Sedel F, Jourdan F, Frainay C, Wevers RA, Roze E, Depienne C, Junot C, Mochel F. Targeted versus untargeted omics – the CAFSA story. J Inherit Metab Dis. 2018. PMID: 29423831
  • Dao MC, Sokolovska N, Brazeilles R, Affeldt S, Pelloux V, Prifti E, Chilloux J, Verger EO, Kayser BD, Aron-Wisnewsky J, Ichou F, Pujos-Guillot E, Hoyles L, Juste C, Doré J, Dumas ME, Rizkalla SW, Holmes BA, Zucker JD, Clément K; MICRO-Obes Consortium. Front Physiol. 2019. A Data Integration Multi-Omics Approach to Study Calorie Restriction-Induced Changes in Insulin Sensitivity. PMID: 30804813
  • Garali I, Adanyeguh IM, Ichou F, Perlbarg V, Seyer A, Colsch B, Moszer I, Guillemot V, Durr A, Mochel F, Tenenhaus A. A strategy for multimodal data integration: application to biomarkers identification in spinocerebellar ataxia. Briefings in Bioinformatics. 2017
  • Kayser BD, Lhomme M, Dao MC, Ichou F, Bouillot JL, Prifti E, Kontush A, Chevallier JM, Aron-Wisnewsky J, Dugail I, Clément K, Serum lipidomics reveals early differential effects of gastric bypass compared to banding on phospholipids and sphingolipids independent of differences in weight loss. Int. J. Obes. 2017  PMID: 28280270

Localisation et Contacts

47-48 bd de l’hôpital 75013 Paris ICAN – bât E3M – 6ème étage

Responsable opérationnel: Farid Ichou (IR, ICAN)

Directeur scientifique: Philippe Lesnik, (DR, UMR ICAN 1166)

Biostatisticien: Dr Maharajah Ponnaiah (IR, ICAN)

Technicien: Sora Lecocq (Tech, ICAN)

Comité de pilotage: Pr. Fanny Mochel (ICM), Dr. Foudil Lamari (APHP), Dr. Ivo Gomperts Boneca (Institut Pasteur), Dr. François Fenaille (CEA)